2009年5月5日，重大新药创制科技重大专项实施启动会议在北京召开。科技部万钢部长出席会议并做重要讲话。卫生部副部长刘谦作了动员讲话。全国人大副委员长、专项技术总师桑国卫院士介绍了专项总体布局情况。会议由科技部刘燕华副部长主持。

在国务院的统一领导下，在领导小组组长单位科技部的指导下，卫生部、总后卫生部充分发挥牵头组织部门的作用，建立了行政和技术管理体系。新药专项是第一批通过三部门综合论证，首批通过国务院常务会议审议的专项。新药专项首批确定的121项课题目前已启动实施;第二批结合拉动内需、保持经济平稳较快发展的需求，也已经基本确定了课题，即将付诸实施。

万钢部长说，新药专项的实施事关人民健康，事关培育战略产业，事关经济结构的调整，专项管理部门、课题责任单位和负责人要认清形势，凝聚共识，进一步增强组织实施好重大专项的责任感和紧迫感，要充分认识实施专项在增强医药科技自主创新能力，促进我国实现从医药大国向医药强国转变，以及应对当前国际金融危机中的现实和战略意义。

万钢部长强调，进一步解放思想，创新机制，健全责任体系和监督体系。要积极探索和创新在市场经济条件下的重大专项组织实施的举国体制，坚持按照公正公平的原则组织重大专项实施，加强组织机制和实施方式创新，充分发挥地方主管部门的作用，强化企业创新主体地位，积极促进产学研医用结合。要加强顶层设计和资源统筹，建立和完善科学的重大专项组织实施构架。要制订合理的技术发展路线图和时间表，科学分解任务，明确研发进度。要完善管理制度，加快推进职责明确、分工合理、运行高效的组织管理体系建设。要加快建立监督评估机制，加强目标考核和绩效评价。

万钢部长指出，要狠抓落实，加强管理，确保实现重大专项目标。要全面部署落实“十一五”专项任务，针对应对国际金融危机、医疗改革的需求，加速重点任务实施。要加强组织管理，确保完成专项目标。要统筹项目、基地和人才队伍建设，大力引进海外高层次人才。要弘扬科学精神，营造鼓励创新、宽容失败的文化氛围。他对牵头组织单位，实施管理办公室和专项总体组在前期富有成效的工作和领导小组各成员单位等方面的通力协作和支持表示衷心感谢!

专项领导小组成员单位领导、牵头组织实施部门有关领导，科技部重大专项办公室、社会发展司和生物中心有关工作人员，专项总体组专家，地方科技主管部门、课题承担单位和课题负责人代表等近500人参加了会议。地方科技主管部门、科研院所和企业的代表分别发言。会后，牵头组织部门与课题承担单位代表签订责任书。